Giappone, anno 2035. Un grande incidente noto come "Burst" causato dalla ricerca dell'intelligenza artificiale. Una AI nota come "Matter" ha eroso il Kurobe Gorge. Entrando nella città di ricerca, chiamata l'ultima speranza dell'umanità, che era stata proibita dal governo. Due anni dopo, Aiko Tachibana, una ragazza di 15 anni che ha perso la famiglia nell'incidente, scopre da uno studente trasferito Yuuya Kanzaki, la verità sul suo corpo. La chiave per scoprire la verita si trova a Primary Point, il centro del Burst. Un ragazzo ed una ragazza, con il destino dell'umanità nelle mani, cosa riusciranno a scoprire?
